Mikroorganismide tegutsemise ajalugu on niisama vana kui inimkonna ajalugu. Andmeid nende kohta leidub juba kõige vanemates ürikutes, nagu kivikirjades, Egiptuse papüürosel ja Piiblis.
Mitmeid empiirilisi mõtteid nakkushaiguste leviku ja vältimise kohta on esitatud ka vanades ürikutes. Näit. Moosese raamatus Piiblis soovitatakse haiguste ärahoidmiseks käte pesemist ja laipade põletamist.
Fracastorius Veronast kirjutas oma teoses silmale nähtamatutest idudest.
Mitmed Koraani rituaalsed eeskirjad nagu rõõsa piima joomise keeld, sealiha söömise keeld on otseselt mikroobsete haiguste leviku vältimiseks.
Sel perioodil jagunes arstkond nn. miasmikuteks ja kontagionistideks. Miasmide vastu püüti end kaitsta maskiga, mille vahele pandi tugevalt lõhnavaid ravimtaimi. Neist võiski abi olla kui mikroob levis õhu kaudu. Miasmiteooria lükati ümber XIX saj. kui võeti kasutusele mikroskoop.
Selle perioodi tuntumad õpetlased olid:
Hippokrates (460-375 e.m.a.); Aristoteles (384-322 e.m.a.) ja Galenos (129-200 e.m.a.).